В инженерно-экологических изысканиях на настоящий момент наблюдается во многом спонтанно сложившаяся терминология. Для четкого однозначного толкования целей и задач, а также полного взаимопонимания изыскателей и исследователей, проводящих инженерные изыскания, необходимо ввести и расшифровать такие термины, как «эколого-геологические условия» (включающие и «эколого-гидрогеологические условия», и «эколого-геокриологические условия»), «экосистемы», «особо охраняемые объекты» и многие другие.
Замена антропоцентрического подхода в идеологии инженерно-экологических изысканий (в том числе при оценке экологической роли современных процессов) на многовариантный, способный помочь оценить экологические последствия проявлений процессов не только для человека, но и для совместного развития социума и природы. До настоящего момента идеология всех изыскательских работ основывается на антропоцентризме, рассматривающем человека как центр мироздания, способный создать для себя новую среду обитания. Распространенный до недавнего прошлого лозунг «Нам не надо ждать милостей от природы, взять их — наша задача!» в полной мере отражает эту позицию. Не представляют исключения и инженерно-экологические изыскания, выполняющиеся для экологического обоснования строительства с целью предотвращения неблагоприятных для человека экологических, социальных и экономических последствий.
Сейчас уместно говорить о коэволюции природы и общества, т. е. о совместной взаимосвязанной эволюции биосферы и человечества. Коэволюция предполагает сближение двух (или более) взаимосвязанных эволюционирующих систем, но не движение к одному общему образу (конвергенцию), а взаимную адаптацию, когда изменение, происходящее в одной из систем, инициирует такое изменение в другой, которое не приводит к нежелательным или даже катастрофическим последствиям для первой системы. Проблема заключается в несовпадении скоростей природного эволюционного процесса (для естественного образования биологического вида требуется около 3 млн лет) и экономического развития человечества (скорость техноэволюции, в отличие от биоэволюции, все время возрастает — и сейчас на инновационный цикл в передовых областях требуется порядка 10 лет).
В процессе инженерно-экологических изысканий необходимо получить ответ на вопрос: каков порог устойчивости биоты к техногенным воздействиям и что будет с растительностью и животными при запороговых возмущениях экосистем? Возможно, уровни техногенных воздействий окажутся приемлемыми не для всех биологических видов, как это было не раз при хозяйственном освоении территорий. Например, в Средней Азии сельскохозяйственное освоение и непродуманная политика орошения в районе Аральского моря привели к изъятию стока рек Амударья и Сырдарья. Ситуация усугубилась дополнительным влиянием природных (климатических и тектонических) факторов. В результате произошло резкое снижение уровня Аральского моря более чем на 20 м. Изменение контуров берегов, осолонение, перестройка ионного баланса, увеличение концентрации биогенов в толще воды вызвали экосистемные изменения.
К началу 1990-х годов в Большом Арале резко уменьшилось разнообразие видов макрозоо- и фитобентоса. К этому времени выжили только 5 видов макрофитов из 37, 27 видов донных беспозвоночных из 61 и 9 видов рыб из 33. Донная фауна эволюционировала от преимущественно пресноводной до гипергалобной. Флора макрофитов сократилась с 37 до 1 вида. Самые большие потери флоры макрофитов (15 вымерших из 38 таксонов) отмечались в 2003–2004 гг., когда соленость превысила 90 г/кг. В 2005-2006 гг. произошел второй многочисленный уход видов (23 таксона) при обильном вымирании (5 таксонов) и незначительном притоке извне (только 10 таксонов). Эти изменения в составе микрофлоры связывают с полным прекращением стока Сырдарьи и Малого Арала в Большой бассейн.
Оценка экологической роли современных геологических и других процессов требует дифференцированного подхода к определению их влияния на различных представителей биоты, поскольку существуют различия в пространственном распространении и списочном составе природных процессов, угрожающих жизни. Особенно это касается малообжитых районов, где инженерно-экологические исследования ведутся на этапе территориального планирования, в частности при инженерных изысканиях для прокладки трубопроводов в малодоступных районах с низкой плотностью населения.
В отличие от человека, способного воспользоваться достижениями цивилизации, смягчить или избежать пагубных для себя последствий, растения зависят от состояния почвы, поскольку именно она служит источником питательных соединений и биофильных элементов, а ее сохранность и плодородие являются основным экологическим критерием при оценке состояния фитоценозов. Оценка состояния почв особенно важна при проявлениях геокриологических процессов (солифлюкции, термокарста, термоабразии, наледеобразования, образования курумов и др.). Являясь индикаторами энерго- и водообмена над кровлей многолетнемерзлых пород и в верхних ее горизонтах, они определяют условия существования растительных сообществ.
Различия в тяжести экологических последствий обусловлены реакцией растений и человека на длительность воздействия геологических процессов. Для растений опасность убывает с уменьшением времени их воздействия — например, длительное затопление или засоление земель опаснее, чем кратковременное проявление землетрясений даже большой интенсивности. Для человека же эта зависимость часто обратная — длительно действующие процессы могут не представлять непосредственной опасности, так как, используя достижения научно-технического прогресса, можно избежать их пагубных последствий с помощью природоохранных мероприятий либо путем предупреждения и эвакуации населения.